Menkul kıymet yatırım fonları ile bireysel emeklilik yatırım fonları, yapı olarak aynı paydalarda olsa da ortalama yatırım vadeleri, yatırım amaçları ve kesintileri itibari ile farklılık gösteren sermaye piyasası aracılarıdır. En önemlisi, bu iki yatırım fonu türünün uzun vadede getirileri farklıdır. Bu durumun temel nedeni, bireysel emeklilik yatırım fonlarının menkul kıymet yatırım fonlarına göre daha uzun vadeli yatırıma elverişli olmasıdır. Düzenli ödemeler ile beslenen bireysel emeklilik sistemi, emekli olma amacına yönelik olan yatırım fonu türünü içerir. Oysa menkul kıymet yatırım fonları, daha kısa vadeli yatırım türüdür.
Bireysel emeklilik sisteminde fonların daha uzun vadeli yatırıma yönelik olmasının diğer bir nedeni ise sistemin hukuki alt yapısının katılımcıyı sistemde emekli olana kadar kalması yönünde düzenlenmiş olmasıdır. Bireysel emeklilik sistemi, paranın likiditesinden uzun süre vazgeçmeyi gerektirir. Eğer katılımcı, emekli olmadan sistemden ayrılırsa avantaj sağlayacağı vergi konusunda karlı değil zararlı çıkacaktır. Bu nedenle, bireysel emeklilik sistemi, uzun vadeli yatırımı düşünen ve emekli olma amacı ile yatırım yapan yatırımcılar için birçok avantaj sunmaktadır.
Bireysel emeklilik sisteminde uzun vadede hisse senetlerine yatırım menkul kıymet yatırım fonlarına yatırımdan daha çok getiri sağlamaktadır. Bunun nedeni, düzenli ödeme ile işleyen bireysel emeklilik sisteminde her ay ya da her dönem mevcut hisse fon fiyatından alım yapılmaktadır. Piyasanın düşüşe geçtiği ortamlarda önceki aylara göre daha düşük fiyattan alım yapılmaktadır. Ancak, dikkat edilmesi gereken nokta, düşük fiyat ile daha fazla fon payı satın alındığıdır. Fon birikimlerinde esas olan nokta ise fon paylarının sayısıdır. Fon payı sayısı ne kadar çok olursa fonun birim sayısı arttığında fon payı başına o kadar fazla getiri sağlanmaktadır. Bu nedenle, yatırımcının uzun vadeli yatırım yapması durumunda piyasa düşüşe geçtiğinde düşük maliyet avantajından, piyasa yükselişe geçtiğinde ise yüksek getiriden faydalanılmaktadır.
